نخستین پایانه فعال، پایانه ۱ نامیده می‌شود که سالیانه مجموعاً ۶٫۵ میلیون مسافر و ۱۲۰٬۰۰۰ تُن بار از این فرودگاه جابه‌جا می‌شود . 
دومین پایانه فعال، پایانه سلام نامیده می‌شود و ظرفیت پذیرش ۵ میلیون مسافر در سال را دارد. قرار بود این پایانه در ژوئن ۲۰۱۶ قابل استفاده باشد ولی مشکلات مالی افتتاح آن را تا ژوئن ۲۰۱۹ به تعویق انداخت. هرچند که این پایانه قرار بود صرفاً برای پروازهای حج استفاده شود، ولی به گفته عباس آخوندی، وزیر راه و شهرسازی وقت ایران، از این پایانه برای همه پروازها استفاده خواهد شد. سرانجام پایانه فرودگاهی سلام در تاریخ ۱۸ ژوئن ۲۰۱۹ (۲۸ خرداد ۱۳۹۸) با حضور رئیس‌جمهور و محمد اسلامی، وزیر راه و شهرسازی وقت دولت دوازدهم افتتاح شد و قرار شد که از یکم تیر ماه پروازهای بین‌المللی از طریق این پایانه انجام شود. در تاریخ ۱۴ اوت ۲۰۱۹ رسماً نخستین پرواز داخلی این فرودگاه به صورت آزمایشی، از همین پایانه و به مقصد فرودگاه بین‌المللی کیش راه اندازی شد .
سومین پایانه، پایانه ایرانشهر نامیده می‌شود که اکنون در مرحله مطالعاتی قرار دارد و قرار است شرکت هلندی Netherlands Airport Consultants کار ساخت آن را انجام دهد.  این پایانه توانایی پذیرش ۲۰ میلیون مسافر در سال را خواهد داشت و انتظار می‌رود با افتتاح این پایانه ظرفیت جابه‌جایی مسافر در فرودگاه امام خمینی به ۳۰ میلیون نفر در سال افزایش یابد. پس از افتتاح این پایانه، از پایانه ۱ فقط برای پروازهای داخلی استفاده خواهد شد .
جایگاه تشریفات اختصاصی یا سی‌آی‌پی (به انگلیسی  (Commercial Important Person) بخشی از فرودگاه بین‌المللی امام خمینی در نزدیکی تهران است که در ۷۰۰۰ متر مربع بنا و سه طبقه ساخته شده‌است که مجهزترین سی‌آی‌پی کشور است. مسافرین ورودی و خروجی فرودگاه بین‌المللی امام خمینی که مایل به استراحت بعد یا قبل از پرواز هستند می‌توانند از سالن مجهز تشریفات و امکانات موجود در آن بازدید و استفاده نمایند.[۳] این بنا در سه طبقه، به‌گونه‌ای طراحی شده است که مسافرهای جایگاه به همراه مستقبلین و یا مشایعین در فضایی آرام و بدون نیاز به اجرای فرایندهای عادی عملیات فرودگاهی به استراحت بپردازند .
امکانات:
•    فرودگاه دارای سرویس رایگان اینترنت به صورت باجه‌های مستقر در بخش پرواز است. سیستم اینترنت بی‌سیم در سال ۱۳۸۵ راه‌اندازی شد ولی مدتی بعد این خدمات قطع شد .
•    انشعاب خط ۱ (خط شهر پرند)، که فرودگاه را به شبکه متروی تهران متصل می‌کند به همت شهرداری تهران در سال ۱۳۹۶ ساخته شده‌است . 
•    اطلاعات پروازهای روزانه فرودگاه بین‌المللی امام خمینی از طریق سایت این فرودگاه به صورت آنلاین (برخط) قابل دریافت است .

شرکت خدمات هوایی سامان بزرگترین شرکت ارائه دهنده خدمات هندلینگ در بیش از 14 فرودگاه بزرگ و اصلی کشور می باشد . 

ایستگاه امام خمینی(ره) با تعداد 740  پرسنل از سال 1384 نسبت به ارائه خدمات  هندلینگ ( پذیرش مسافر ، پذیرش بار ، ارسال بار ، کارگو ، ارسال تجهیزات به هواپیما ) به ایرلاین های طرف قرارداد فعالیت می نماید .